A área de Bioengenharia compreende a intersecção entre os conhecimentos das ciências exatas aplicados às necessidades de desenvolvimento tecnológico em saúde. Em 2009, o Comando da Aeronáutica concordou com a proposta para a criação de um Núcleo de Bioengenharia dentro do Instituto Tecnológico de Aeronáutica, para que se pudesse aproveitar os conhecimentos duais das Engenharias do ITA empregando-os na área médico-biológica. Em 2017, a partir dessa iniciativa bem-sucedida, contando com a implementação de diversas linhas de pesquisa e fomentos externos, foi criado o Laboratório de Bioengenharia (LBE) do Instituto Tecnológico de Aeronáutica (ITA).
O LBE tem como objetivo promover a convergência de conhecimentos nas áreas de saúde e engenharia e a cooperação técnica entre instituições de ensino e pesquisa com o Instituto Tecnológico de Aeronáutica, por meio de pesquisas e soluções tecnológicas nas áreas civil e militar, objetivando atender às necessidades do Comando da Aeronáutica.
Os projetos de cunho militar (linha vermelha) atualmente desenvolvidos pelo LBE congregam demandas de diversas organizações militares da FAB, com foco na Saúde Operacional, e envolvem oficiais alunos das Forças Armadas em programas de mestrado e doutorado no ITA.